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Jap kann auch "Super" nur empfehlen. Hat sogar eine extra Option für Iphone und Ipod. Einfach bei "Select the Output Container" -> Apple - Ipod/Iphone auswählen.
Also ich kann dir auch nur XMedia Recode empfehlen. Bei dem Programm kannst du einstellen, dass du Videos für das IPhone convertieren willst und es werden automatisch die besten Einstellungen für das Video eingestellt.