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Möglicherweise liegt es daran, dass zum Zeitpunkt der Erstellung der Notfall-CD die externe Festplatte noch nicht dem System bekannt war. Ich meine der Zeitpunkt der Erstellung spielt hierbei eine zentrale Rolle.
Also, externe Platte anschließen und erkennen lassen von Windows. Danach Notfall-CD von Acronis erstellen und von dort an sollte es eigentlich funktionieren.