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Willst Du das ganze iPhone sichern, incl. WhatsApp, dann ein komplettes Backup.
Willst Du (nur) WhatsApp sichern, dann über WhatsApp.
Willst Du deinen Dokumenten-Ordner sichern machst Du ja auch nicht ein 1:1 FullBackup vom ganzen PC nur weil der Dokumenten-Ordner auch darin enthalten ist.