https://docs.blender.org/manual/en/dev/data_system/files/media/video_formats.html
Mp4, Avi, Mkv, ... sind Container, da kann alles mögliche an Audio und Videoformaten drin sein.
Ob Blender direkt mp4-Container/kompatible Dateien erstellen kann weiß ich nicht.
(Evtl. mit mov(Quicktime) probieren, dann würde ich aber eher mkv(Matroska) nehmen.)
Quicktime: (.mov) A multi-tracked format. QuickTime and MP4 container formats can use the same MPEG-4 formats; they are mostly interchangeable in a QuickTime-only environment. MP4, being an international standard, has more support.
Matroska: (.mkv) An open standard free container format, a file format that can hold an unlimited number of video, audio, picture or subtitle tracks in one file.
Die Video-Codecs sind dann z.b. MPEG2, H.264, xvid usw. und die kann man unterschiedlich einstellen, z.b. auf Schnelligkeit / beste Kompression / Lossless und noch viel mehr Details, welche aber die Kompatibilität z.b. zu Standalone-Playern einschränken könnten.
Die Codecs muss aber entweder das Programm selbst mitbringen oder man muss diese im System installieren / installiert haben.
Youtube FAQ: "Empfohlene Einstellungen für die Upload-Codierung"
https://support.google.com/youtube/answer/1722171?hl=de
Evtl. wäre es auch praktischer, das Video mit Blender verlustfrei abzuspeichern und dann mit einem Encodingprogramm (was .mp4 unterstützt) anschließend in das gewünschte Format zu encoden.
Bei solchen Encodern (Referenz ist Handbrake, hab ich aber noch nie benutzt, Staxrip gefiel mir aber ganz gut) gibt es auch oft "Presets" z.b. um Videos direkt für z.b. bestimmte Mediaplayer, Smartphones oder evtl. auch Youtube zu encoden.
Wichtig ist dann noch, diese direkt mit verlustfreiem oder möglichst gutem/unkomprimiertem Ausgangsmaterial zu füttern. Das geht dann z.b. mit den Lossless-Codecs, unkomprimierten Einzelbildern oder über einen Frameserver (z.b. Avisynth, wie das mit Blender dann genau geht weiß ich aber nicht).