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Um mal Speedfan und etwaige andere Windows-Software als Fehlerquelle auszuschließen würde ich empfehlen, sämtliche Software zu deinstallieren, die irgendwie in die Lüftersteuerung eingreift, also auch Software des Boardherstellers (außer Treiber).
Um auf der Hardwareseite den Fehler weiter einzukreisen, mal einen Gehäuselüfter in den Fan-Header des CPU Kühlers einstecken und den CPU Kühler in den betreffenden Fan-Header für den Gehäuselüfter.
Welcher der Lüfter bleibt nun stehen und welcher läuft sauber durch?