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Ist zwar keine Lösung, aber DesktopOK kann die Postion der Icons speichern und wiederherstellen.
Bei mir tritt der Fehler nur bei einzelnen, neuen Icons auf. Da hilft bei mir das vorherige Drücken der Taste F5 und die neue Position wird gespeichert.
En Rechtsklick auf den Desktop, Menü "Ansicht" und das Häkchen bei "Automatisch anordnen" entfernen, ausserdem an gleicher Stelle das Häkchen bei "Am Raster ausrichten" setzen.