Gar nicht.
Du sortierst deine Chatnachrichten auf Whatsapp ja auch nicht in Ordnern.
E-Mail ist ein Kommunikationsmittel, keine Dokumentenablage. Zieh dir raus, was du in Zukunft brauchen wirst (Belege, Rechnungen usw) und sichere sie dir separat als PDF oder irgend was passendes.
Der Rest bleibt im Posteingang oder wandert ins Archiv.
Auf der Arbeit nutze ich auch nur wenige Ordner. und die sind nicht Inhalts oder Themenbasiert, sondern aktionsbasiert.
Posteingang ist wie der Name schon sagt, der Eingang. Das meiste wird direkt beantwortet und wandert dann direkt per Tastenkürzel ins Archiv. Mails, die ich später beantworte, kommen in den Ordner "Antworten", Mails auf die ich eine Rückantwort erwarte, kommen in den Ordner "Warten". Alles was nicht in die Ordner passt wird als erledigt gesehen und landet im Archiv. Archiv heißt auch nicht, dass die Mails "weg" sind. Die Suchfunktion ist sehr stark und findet bei bedarf alles. Meistens ist bei Archivierten mails eh nur das aus den letzten 1-2 Wochen relevant, das findet man schnell per Suche.
Wenn man doch mal einmal im Jahr nach einer uralten mail fischen muss, dann sucht man halt länger. Aber mit nem Ordnerbaum ist man genauso aufgeschmissen, weil du eh nicht mehr sicher weißt, welcher Ordner der richtige ist und wahrscheinlich hast du eh schon täglich 15 Minuten damit verschwendet, 100 Mails in den jeweils richtigen deiner 50 Ordner einzusortieren. Daher verlierst du zeitlich gesehen mit Ordnerbäumen sowieso immer.