Der Xeon wirkt im Vergleich zu den restlichen Komponenten etwas fehlplatziert, wie ich finde. Wenn schon ein Xeon, dann bitte auch ein halbwegs ordentliches Board mit ECC RAM Unterstützung und natürlich auch passendem RAM (und INTEL Netzwerk onboard... nicht dieses realtek Gerotze

). Bei Intel machen das aber, soweit ich mich erinnere, nur die dickeren (Server-)Chipsätze mit.
Festplatten fehlen irgendwie in deiner Aufstellung. Für die Datenhaltung solltest hier auf taugliche Festplatten achten. Consumerplatten und "green" Versionen sind selten für den 24/7 Betrieb ausgelegt.
Wenn es dann auch ein Raid werden soll, will die Plattenwahl erst recht wohl überlegt sein. Mehr als Raid-1 (mirroring) + ein sinnvolles Backupkonzept lohnt sich für den privaten Zweck selten. Raid5/6 ist mit günstigen Platten keine gute Idee, die Fallen nämlich am liebsten reihenweise beim Rebuild aus, nachdem die erste Platte irgendwann mal den Geist aufgibt und dann sind auch beim Raid 5/6 die Daten weg.
Das Betriebssystem ist so eine Sache. Wenn du noch garkeine Ahnung von Linux hast, dann rate ich dir davon ab, gleich voll in die Bresche zu springen. Beschäftige dich lieber erstmal mit den einzelnen Themenbereichen (Networking, DHCP/DNS, Fileserver, etc). Auch wenn ich kein Freund von Windows bin tuts in deinem Fall vielleicht auch ein Windows Homeserver? Oder probier ein bischen mit virtuellen Maschinen auf einer Windows Installation rum.
FreeNAS als Fileserver Distro ist nett, genauso wie pfSense als Router/Firewall/Gateway. Beides ist allerdings kein Linux und man bedient es primär über ein Webinterface. Der Lerneffekt in Hinsicht auf einen Linuxserver ohne GUI ist daher gleich null.
Ubuntu Desktop/Server nehmen sich nicht viel. Jede Version ist für den entsprechenden Einsatzzweck hin konzipiert und bietet in der Grundkonfiguration entsprechende Dienste oder eben nicht. Es läßt sich aber alles in beiden Versionen nachinstallieren.
Wenn du Ubuntu als Server laufen lassen willst, dann nimm gleich den Server und installier da eine Desktopumgebung nach (XFCE schluckt nicht so viel Resourcen wie Gnome3 oder KDE). Mit Webmin und Zusatzmodulen läßt sich das Wichtigste auch per Frontend konfigurieren.
Eine LTS Version macht Sinn, sofern man nicht eh immer auf die aktuelle Version wechseln will (was bei einem Server nicht immer zweckmäßig ist). Im April kommt die nächte LTS, wenn mich nicht alles täuscht.
Das ubuntuusers wiki ist eine gute Anlaufstelle für die ersten Schritte und bietet meist auch weiterführende Links.
Aber wie gesagt, Linux ist toll, aber nicht trivial, wenn man sich damit noch nie beschäftigt hat. Wenn du nur eben schnell nen Server aufbauen willst, wirst du damit wohl vorerst keine Freude haben.
Viel Erfolg