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Du hast schon gelesen, dass es mit A deutlich schneller geht als mit B und es daher sicherlich nicht um irgendwelche allgemeinen Grenzen geht sondern vermutlich falsche Konfiguration seitens JDownloader?
Mit der falschen Java Umsetzung und dem falschen JD kann man sich die Geschwindigkeit beim Downloaden und entpacken verhunzen, allerdings bleibt es immer bei dem einem Kern beim entpacken.
@OP Benutzt du die x64, Java 17 JD2 Version und eine passende OpenJDK 17 Umsetzung wie von Eclipse Temurin?