Bis auf die Zeilen
[General]
ClearInvalidRegistrations=1
sind die anderen Einträge unter Skyrim SE tatsächlich als obsolet anzusehen. Der Eintrag "ClearInvalidRegistrations" bewirkt, daß das Savegame von kaputten OnUpdate-Blöcken gesäubert wird. Das wird übrigens auch in der Beschreibung der SKSE64 ini Mod erwähnt.
Wenn dieser Eintrag nach Installation von VWA fehlen sollte, kann das speziell bei scriptlastigen Setups auf lange Sicht (zunächst läuft alles nach Wunsch) zu Problemen führen. Die OnUpdate-Funktion in Papyrus produziert gerne mal Fehler. Das sieht im Papyrus-Log (hier aus Skyrim LE) dann z.B. so aus:
ERROR: Unable to call RegisterForSingleUpdate - no native object bound to the script object, or object is of incorrect type
Das Problem ist, daß man diese Fehler kaum vermeiden kann. Je mehr Scripts verwendet werden desto mehr Fehler sammeln sich also im Savegame an. Daraus resultieren unter Umständen CTDs denen die Funktion "ClearInvalidRegistrations" entgegenwirken soll da sie das Savegame regelmäßig säubern soll.
Unter Skyrim LE kamen unter anderem übrigens genau zu diesem Zweck Tools wie der Save Cleaner SaveTool zum Einsatz. Das einzige "Problem" von SaveTool ist nur, daß man bei der Nutzung schon wissen sollte was man da eigentlich tut.
Das ekelhafte ist, daß der normale Spieler, der sich um Dinge wie Papyrus-Scripts nicht kümmert (warum auch, daß machen nur Modder), von dieser Problematik nichts mitbekommt, schließlich läuft das komplett "hinter den Kulissen" ab. Er muß dann halt nur viel später unter irgendwelchen rätselhaften Abstürzen leiden ohne zu wissen, daß er sich eine Funktion die dem entgegenwirken soll selbst rausgepatcht hat.
Nachtrag:
Der Eintrag "EnableDiagnostics=1" ist nicht obsolet, wird aber nur für Diagnose/Debugging-Zwecke benötigt. Wer nicht genau weiß ob und wozu er ihn haben will, der braucht ihn nicht.