Mobipocket ist EPUB ziemlich ähnlich, nur ist es eben ein proprietäres Format, d.h. man kann eine Mobi-Datei nicht komplett selbst erstellen. Eine EPUB dagegen schon, die ist nichts anderes als eine ZIP-Datei mit vordefinierter Inhaltsstruktur, hauptsächlich XHTML-Dateien, in denen Content, Navigation und andere Informationen separat gespeichert sind, einer CSS-Datei, und noch ein paar anderen Dateitypen.
Amazon nutzte zunächst AZW-Dateien, die im Grunde mit Mobipocket ziemlich identisch sind, bis auf ein paar kleinere Unterschiede. Das neue Amazon-Format ist KF8, das eine gewisse Rückwärtskompatibilität zu AZW aufweist und es erlaubt, HTML5- und CSS3-Code zu nutzen. Auch KF8 ist proprietär.
PDF-Dateien sind am wenigsten geeignet für Mobile Reader. Sie besitzen eine starre Struktur und sind eigentlich dafür gedacht, Dokumente zu generieren, die überall gleich aussehen - egal ob auf einem PC, einem Mac, einem Smartphone, oder ausgedruckt. Das PDF-Grundprinzip ist also genau gegenläufig zu dem von EPUB, Mobi etc., bei denen eine möglichst große Anpassbarkeit im Vordergrund steht.
Die Konvertierung der Mobile-Formate untereinander funktioniert einigermaßen okay, nur PDF-Dateien sollte man besser so belassen, wie sie sind.
Nochmal zusammengefasst:
EPUB: Frei, dynamisch, eher wenige Funktionen.
Mobipocket/AZW: Proprietär, dynamisch, eher wenige Funktionen
KF8: Proprietär, dynamisch, viele Funktionen.
PDF: Proprietär, statisch.
EPUB-Dateien sind immer ein guter Ausgangspunkt. Weil sie offen sind, lassen sie sich auch gut konvertieren und bearbeiten.