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Mit jeden Videobearbeitungstool, was am einfachsten ist muss aber jeder selber Probieren.
Ich würde vermutlich DaVinci Resolve nehmen und mich an die Tutorials im Internet halten.
In video.mp4 war evtl. noch etwas, das nicht übernommen wurde (könntest du z.B. mit mediainfo prüfen). Der Befehl würde so auch nicht funktionieren, wenn video.mp4 bereits einen Audio-Stream hätte.
Im Allgemeinen funktioniert das so: ffmpeg -i video.mp4 -i audio.m4a -c:v copy -c:a copy -map 0:v:0 -map 1:a:0 output.mp4
Mit map wird hier jeweils der erste Video- bzw. Audio-Stream von beiden Dateien genommen.