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Auf einem PC laufen IMMER Programme. Woher soll Windows wissen, dass deine Energiespareinstellungen gerade jetzt nicht greifen sollen?
Schalte den Standby aus, wenn du ihn nicht haben willst.
Das wäre fatal. Tatsächlich wird es über SetThreadExecutionState gesteuert.
Da es myFFmpeg offenbar nicht richtig setzt, könnte man die Software z.B. über eine Batch-Datei starten, in der man mittels powercfg den möglichen Standby-Modus vorher deaktiviert und nachher wieder aktiviert.