@DieMuellermilch PDF Chain ist Open Source, lies den PKGBUILD wenn du wissen willst, was das AUR-Paket genau macht (im Wesentlichen lädt es die Quelldateien von der offiziellen Webseite herunter und kompiliert und installiert das Programm). Auf den ersten Blick sieht das alles "sauber" aus.
Neben QPDF können auch PoDoFo und PDFtk über die Kommandozeile PDFs verschlüsseln, siehe ArchWiki: Encrypt a PDF (PDF Chain ist übrigens nur eine graphische Oberfläche für PDFtk).