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Ich habe ebenfalls ein Truecrypt verschlüsseltes RAID 1 im Einsatz (externes Gehäuse über eSATA angeschlossen). Zu beachten gab es da eigentlich nichts, ich habe eine Partition darauf angelegt und diese dann verschlüsselt. Da es sich um eine externe Datenablage handelt, hänge ich sie einfach ein wenn ich sie brauche. Klappt prima.
Ich habe allerdings keine Erfahrung mit bootfähigen Truecrypt-Volumen, daher kann ich nicht sagern was in diesem Fall zu beachten wäre.