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Prinzipell ist es egal, wie du es anschliesst, aber wenn du "on teh fly" brennen willst, dann würde ich dir empfehlen die beide Laufwerke nicht an einen IDE, sondern einen an den ersten als Slave (die Boot Platte ist wahrscheinlich Master) und den anderen den den zweiten wies dir passt (also Master oder Slave)
Sollte sicherlich "On the Fly" heissen, wenn man eine 1:1 Kopie macht von einer CD ohne sie auf der HD einzulesen.
Hersteller und Brennprogramme empfehlen wenn das DVD/CD-Laufwerk als Master und der Brenner als Slave angeschlossen wird.
Eigentlich ist das völlig Wurscht aber nichts spricht auch was dagegen.