68000, nein da sowieso mit einem ATA Befehl bis zu 2^16 aufeinanderfolgende LBAs adressiert werden, spielt die Größe der Cluster überhaupt keine Rolle, es wird ja nicht LBA- oder Clusterweise gelesen oder schreiben. Die Cluster sind nur die kleinste Einheit die eine Datei oder ein Fragment einer Daten einnehmen können. Wenn die Gefahr besteht, dass das Filesystem stark fragmentieren wird, dann kann man größere Cluster wählen um damit zu Vermeiden, dass dann die Zugriffe am Ende wirklich kurz werden, wenn die Dateien stark fragmentiert sind. Der Preis ist aber, dass man im Schnitt pro Datei einen halben Cluster verschwendet, das lohnt also nur in Ausnahmefälle.
Wenn Du die SM951 (oder besser die wohl bald erscheinende Retail Nachfolgerversion davon) mit einem Adapter in den richtigen Slot mit PCIe 3.0 Lanes der CPU steckt, dann man die schon Sinn, denn nicht das Board sondern die CPU muss die Daten verarbeiten. Dann hast Du auch weniger Latenz in der Anbindung als bei den Skylake Boards, denn was ich bisher gesehen haben, sind bei denen die M.2 Slots alle über den Chipsatz realisiert.