Eine Partition ist kein Problem. Mehr als eine Partition hingegen schon. Windows unterstützt auf einem USB-Stick, der sich per HardwareDeviceDescripter als Wechseldatenträger zu erkennen gibt (das ist der Großteil aller USB-Sticks), nur eine Partition. Ändern lässt sich das nur, indem man entweder einen Filtertreiber installiert, der das RemoveableMediaBit des DeviceDescriptors entfernt (mir ist keiner bekannt, der unter einem 64-Bit Windows funktioniert) oder indem man die Firmware des USB-Sticks direkt editiert.
Letzteres ist auch nicht gerade einfach, da entweder der USB-Stick-Hersteller ein Tool anbieten muss, mit dem man diese spezielle Firmware-Einstellung ändern kann (das ist äußerst selten der Fall) oder es muss ein Tool existieren, das dies für genau den im USB-Stick verbauten Controller ermöglicht. Es gibt zwar ein paar Tools, die eine Reihe von USB-Stick-Controller unterstützen, nur sind die oft nur auf chinesisch oder japanisch (und somit schwer zu finden und zu benutzen). Und ob diese Tools vertrauenswürdig sind, ist auch so eine Frage.
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Ok, anscheinend soll die vorhandene Formatierung gelöscht und nur eine neue Partition (und nicht mehrere) erstellt werden. Dann ist das vorher von mir geschriebene natürlich irrelevant. Das Tool der Wahl ist hierbei Diskpart, wie schon empfohlen wurde. Etwas komfortabler geht es mit RMPrepUSB.