Wenn du Win 10 benutzt fällt TC eh raus. Soweit ich mich korrekt erinnere wurde System Encryption von Win 10 mit TC noch gar nicht unterstützt. Wenn deine Systempartition mit GPT anstatt MBR konfiguriert ist, wirst du mit TC nicht weiterkommen.
Generell sollte man von TC mittlerweile die Finger lassen. Die letzte TC Version war damals glaub ich v. 7.1a. Nach der Einstellung des TC-Projekts wurde VC ins Leben gerufen, was auf dieser Version aufbaute und dann mit der Zeit weiterentwickelt wurde. Dabei wurden auch Sicherheitslücken behoben, die in TC 7.1a noch vorhanden waren. Du tust dir also keinen Gefallen damit, eine veraltete (und nicht mehr gepflegte) Software zu nutzen, die bekannte Sicherheitslücken aufweist.
Und nun zu deiner eigentlichen Frage: Nein, wenn du nur die OS-Partition verschlüsselst, werden damit nicht automatisch auch die anderen Datenpartitionen verschlüsselt. Diese musst du bei Bedarf separat encrypten. Die Systemverschlüsselung aktivierst du über System > Encrypt System Partition/Drive und folgst dann den Anweisungen des Wizards.
WICHTIG: Der Wizard fordert dich dazu auf, eine RescueDisk zu erstellen. Dazu nimmst du dir einen USB-Stick oder SD-Karte und kopierst die Daten dadrauf und hebst diesen dann sorgfältig an einem sicheren Ort auf.
Denn solltest du dir irgendwann mal (z.B. durch ein fehlerhaftes Windows-Update) dein System zerschießen, brauchst du die RescueDisk um die Partition im Notfall wiederherstellen zu können. Gleiches gilt, wenn du das Passwort für die Pre-Boot Authentication ein mal ändern solltest. Auch dann muss die RescueDisk neu erstellt werden.
Wenn du dann im Anschluss noch weitere Datenpartitionen verschlüsseln willst, gehst du nach Volumes > Create New Volume > Encrypt a non-system partition/drive und folgst auch dort wieder dem Wizard. Es empfiehlt sich übrigens auch von verschlüsselten non-system Drives ein Header-Backup zu erstellen.
//Nachtrag
Und zur der Frage mit dem Keylogger: Nein, wenn du dir Malware eingefangen hast, hilft dir eine Datenträgerverschlüsselung auch nicht weiter. Wenn ein Keylogger bereits dein Passwort abgefangen hat oder den Encryption Key aus dem RAM ausliest, bringt dir kein Verschlüsselungsprogramm der Welt mehr Sicherheit. Stell dir vor das Ding liest den Key aus und sendet ihn an einen Server im Internet. Damit wäre deine Verschlüsselung dann kompromittiert.