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Deine Fragestellung ist nicht 100%ig eindeutig, bzw. die Antwort lautet wie so oft: Es kommt darauf an.
Welche Backup-Methodik? Veeam Agent auf VM laufend? Dann lautet die Antwort definitiv: Ja. Veeam Backup & Replication? Dann kannst du einzelne virtuelle Festplatten ausschließen. Wenn du für deine VM pro Partition also jeweils einzelne vDisks verwendest dann geht das problemlos, ergo: Ja. Wenn du aber nur eine einzelne große vDisk hast und diese mehrere Partitionen beinhaltet dann würde ich sagen lautet die Antwort: Nein.
Wäre zumindest meine Antwort aus dem Kopf. Du könntest natürlich auch selbst einen Blick in die öffentlich einsehbare Dokumentation werfen, dort sollte es im Detail stehen.