wenn es msi packete sind, kannst du zb das paket einfach wieder aufrufen und ihm als startoption halt deinstall mitgeben..
und natürlich vorher den install mode einschalten
change user /install
geh in die Registry und schau dir an was bei der Deinstallation aufgerufen wird. Den Key findest du unter:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall]
UninstallString und falls vorhanden QuietUninstallString sind das was du suchst.
Die meisten Aufrufe sind interaktiv, also musst du die Deinstallation dann noch automatisieren indem du die Parameter anpasst oder tools wie AutoIT benutzt.