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VLC bringt sein Codecs glaube ich selbst mit, somit kann das System nicht drauf zugreifen.
Installier dir mal ein Codec-Pack, wie z.B. das K-Lite-Codec-Pack.
Mache mal im Dateiexplorer auf dem Ordner einen Rechtsklick -> Eigenschaften -> Anpassen -> Diesen Ordner optimieren für -> Videos (ggf. die Option "Vorlage für alle Unterordner übernehmen aktivieren)