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Woher weisst Du denn, dass der Trojaner noch aktiv ist?
Hast Du schon versucht heraus zu finden, wie der Trojaner gestartet wird?
Viele Trojaner und Viren werden mittels Eintrag in der Registrierung gestartet. Sollte die ausführbare Datei nicht vorhanden sein, was beim Verschieben in die Quarantäne ja geschieht, wird sie von einem anderen Programmteil des Trojaners neu generiert - und ist wieder aktiv.
Schonmla versucht, im abgesicherten Modus zu starten - da werden die allermeisten Dinge NICHT mitgestartet - und dann den Virenscanner laufen zu lassen?
Wie sieht es mit Spybot aus? AdAware?