Viel Arbeit
Da sist gar nicht so leicht. Du solltest Dir auf jeden Fall von W2k aus eine Rettungsdiskette erstellen um die Bootdateien wieder auf die Platte zu kriegen!
Wenn die nicht hilft mußt Du W2k wahrscheinlich neu installieren. Ist aber nicht so schlimm wie es sich anhört, da das mit W2k ganz gut funktioniert. Treiber und Programme werden fast vollständig übernommen. Aber die ganzen Updates mußt Du neu aufspielen.
Du gehst also, nachdem Du alles persönliche gesichert hast, von Win98 aus in den Dos-Modus. Von dort löschst Du den Windows98 Ordner und den dazugehörigen Pogrammordner, sowie alle Ordner von Sachen, die Du unter Win98 installiert hast. (Vorsicht, genau gucken und 3-mal überlegen was Du löschst.)
Jetzt mußt Du alle Startdateien aus dem Root löschen. Wenn Du sicher bist das Du alles entfernt hast, booten.
Du hast jetzt kein lauffähiges System mehr, also die W2k-CD einlegen und von CD booten. Irgendwann kommst Du dann an einen Punkt, wo Du gefragt wirst ob Du (mit "Eingabe") installieren willst oder (durch drücken von "R") reparieren willst. Klar, R drücken.
Soweit ich mich erinnere hast Du dann die Möglichkeit über die Konsole oder Deinen Rettungsdiskette zu reparieren. Die Konsole arbeitet mit eingabebefehlen. Du nimmst die Diskettenvariante.
Wenn ich mich jetzt ganz genau erinnere müßte es dann (nachdem Du die Diskette eingelegt hast) später einen Punkt geben mit dem Du Deinen "Startdateien wieder herstellen" kannst. Wenn´s funktioniert gut wenn nicht, dann mußt du W2k in den alten WINNT-Ordner neuinstallieren, was deutlich mehr arbeit ist.
Da ich dafür echt in den tiefsten Tiefen meines Hirns gekramt habe solltest Du nach Möglichkeit eine Sicherung Deines Systems mit Ghost, Drive Image oder ähnlichem machen.
Außerdem rate ich Dir dringend Deine "eine" Partition mit Partition Magic 6 in 2 zu teilen! Ist einfach ungemein praktisch beim sichern und auch sonst.
Falls jemand einen Fehler in meiner vorgehensweise sieht bitte darauf hinweisen bevor Optimus Prime loslegt!!!
Viel Glück