Du brauchst die Windows-DVD dafür nicht. Geh einfach in die Datenträgerverwaltung, lösche alle Partitionen, lege eine neue über die gesamte Kapazität an und formatiere das Volume mit NTFS, dabei nimmst du den Haken bei "Schnellformatierung durchführen" raus und fertig.
Wenn die 100MB Partition auf der zu löschenden HDD ist, wird Windows nicht mehr booten, falls du die HDD ausbaust.
Edit:
Da es hier ja um ein Notebook und die Systempartition geht, funktioniert das so natürlich nicht
Dann brauchst du doch die Windows-DVD. Boote davon und gehe in die Reparaturoptionen, dort kannst du eine Kommandozeile starten, gib dann ein:
diskpart
list disk (Merke dir die Nummer der zu löschenden HDD, beim Notebook wirds nur eine geben.)
select disk (Nummer der zu löschenden HDD)
clean all (überschreibt die ganze HDD mit Nullen)
Wenn der Vorgang beendet ist 2x exit eingeben und fertig.