BIOS Updates mit eingebautem Updater sind Custom. Dafür gibt es keinen Standard (den gibt es für UEFI Capsule Updates aber da ist eigentlich kein Stick involviert). Was das BIOS da also kann ist einfach abhängig vom Hersteller.
Bei einem Updater der Teil des BIOS ist und dir dann letztendlich erlaubt Dateien auf Laufwerken zu browsen um ein Update zu finden erfordert ja kein Booten des Sticks. Das ist also auch nicht involviert. Es geht also schlicht darum welche Dateisysteme dieser Updater versteht und ob er alle Partitionen finden kann oder da Einschränkungen hat.
UEFI Partitionstabellen und FAT32 muss das UEFI eh können. Ist also quasi garantiert dass das geht.
Klassische USB-Sticks brauchen gar keine Partitionstabelle sondern sind einfach nur insgesamt eine rohe Partition. Das wird also auch garantiert gehen. Mit CSM aktiv muss das BIOS auch in der Lage sein einen MBR zu lesen und zu verstehen. Eine MBR Partitionstabelle mit nur primären Partitionen zu lesen sollte eigentlich ein Kinderspiel sein. Da geht es ja nur darum die möglichen 4 Startaddressen zu finden, an denen dann Partitionen beginnen könnten. Zum Booten eines MBR Datenträgers muss man aber eigentlich nichts von Partitionen verstehen oder wissen. Das war genau der Punkt von MBR.
Auf der anderen Seite sind hybrid bootbare Datenträger (wie ein original Windows Installer) genau MBR partitioniert, damit sie einen MBR für Legacy Boot haben und dann auf der ersten FAT32 Partition das EFI Executable unter dem standardisierten Dateinamen und Pfad. Also muss ein UEFI mindestens mal primäre MBR Partitionen verstehen können, sonst würde kein offizieller Windows oder Linux Installer im UEFI Modus booten können. Aber ich habe keine Ahnung ob es auch zB erweiterte Partitionen verstehen muss. Das könnte ich mir vorstellen bleibt außen vor. Aber wer braucht das auch für einen USB Stick. Oder wer braucht überhaupt noch MBR heutzutage.
Weitere Dateisysteme lesen können ist gut möglich. Mein Asus Board zB versteht grundsätzlich auch NTFS. Allerdings wohl nur teilweise. So dass es von meinen integrierten Festplatten zwar die Dateien anzeigt, aber beim Lesen dann sagt, der Dateiinhalt wäre korrupt. Hier würde ich mal raten, kann der NTFS Treiber im BIOS einfach nicht alle Features die mein Windows beschlossen hat zu nutzen.
FAT32 ist hier am zuverlässigsten von allen Seiten. Weil es zwangsweise gehen muss, öffentlich definiert ist, simpel ist. Größtes Problem sind hierbei vermutlich ganz bestimmte BIOS, die sich weigern Dirty FAT32 Partitionen zu lesen (wenn die Partition nicht sauber unmountet wurde. Hatte da ein altes Notebook das sich aufgehängt hat, wenn es versucht hat so ein Dateisystem zu laden). Auf der anderen Seite wird sowas mit anderen Dateisystemen wie NTFS auch nicht besser. Braucht man zwar nicht mehr für die Integrität der Daten selbst, aber Treiber in Embedded Geräten können eben selten alle Features und wissen dann im Gegensatz zu Windows gerne nicht wie man mit einem Journal umzugehen hat etc.