Hallo zusammen,
reicht dir nicht eine erstellte Datei? Dann benutzte doch einfach MakeMKV und du erhältst dann eine unbearbeitete Datei, die der original Qualität entspricht. Kannst es nachher mit avidemux in einem anderen Container Format also von mkv zu mp4 Wandeln, ohne es neu zu reconideren, wenn dir das Format wichtig ist.
Möchtest du die Filme bearbeiten, chroma Korrektur, deinterlancen, Seitenränder abschneiden, Videoauflösung ändern, rauschen entfernen, etc. dann würde ich zu StaxRip oder Hybrid greifen. Mit Handbrake würde ich nicht unbedingt arbeiten, da viele gute Filter wie QTGMC fehlen und du die Filter mit VapourSynth, mit den beiden kannten, Programme nutzen kannst und damit "relativ" schnell unterwegs bist.