Mit Java kannste genauso gut einen Trojaner programmieren und auf der JVM laufen lassen, wie mit C, .NET. basierten sprachen etc. pp.
Das Problem dabei sind eben Exploits für scheinbar harmlose Browser-Anwendungen, die dann den Trojaner nachladen, und dabei evtl. noch den Sicherheitsdialog aushebeln, weil es dabei schwieriger ist, die Gefahr zu erkennen.
Auf dem Desktop (bei ausgeschaltetem Browser-Plugin) gilt: Eine porn.jar ist genauso gefährlich wie eine porn.exe