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Um was für einen Codec handelt es sich denn? MPEG-2 musst du erst mit DGIndex bearbeiten und danach dessen Projekt-Datei öffnen. H264 und XVid kannst du direkt öffnen, insofern sie sich problemlos in einem DirectShow-Player abspielen lassen (WMP, MPC).
Ich hab bei mir auch ein paar Filme direkt von der BluRay als MPEG-2 MKV remuxt. Das Problem ist es nicht und möglich ist es zum Glück auch. Mal sehen, wann ich Zeit finde um es umzuwandeln.