Naja, die Technik hat sich insofern verändert, als dass der "nur APS-C"-Sensor zumindest beim Dynamic Range gleichauf liegt. Das ist schonmal beeindruckend.
Ansonsten sind diese Dxomark Scores nur bedingt aussagekräftig, da sie lediglich einige wenige Aspekte der Kamera beleuchten, um präzise zu sein bestimmte Eigenschaften des Sensors bzw. des resultierenden RAW-Bildes.
Löst man sich von dieser engstirnigen Betrachtungsweise, hat die A6400 im Verlgeich zur A7II den besseren Autofokus, bessere Video-Features, "Sony Touch-Bedienung", eine angeblich bessere Akku-Laufzeit und ist insgesamt natürlich kompakter und leichter. Technisch hat sich da auf Feature-Ebene also einiges getan. Daher sind Pauschalaussagen wie "kann mit den A7-Modellen nicht mithalten" auch zu simpel gedacht. Die beiden von dir genannten APS-C Vertreter sind abgesehen von dem schnelleren Autofokus auch insgesamt "flotter" unterwegs, eignen sich durchaus für ein paar schneller bewegte Motive dank deutlich höherer Serienbildgeschwindigkeit. Die A7II hat dafür IBIS, was vor allem für unstabilisierte Objektive interessant ist (üblich bei Festbrennweiten / Manuellen Objektiven).
Der Dxo-Score (für den Sensor!) ist vor allem deswegen schlechter, da High-ISO, sprich das Rauschverhalten, mit dem größeren (wenn auch älteren) Sensor eine ganze Ecke besser ist. Die Unterschiede bei "Color Depth" sind in dem Bereich für 99% der Nutzer vernachlässigbar, da alles über 22bit bereits als exzellent gilt.
Einen eindeutigen "Sieger" gibt es nicht (gibt es fast nie), da die Kamera einfach zu deinem Nutzungsprofil passen muss. Jeder Neuanschaffaung bedeutet Kompromisse in Kauf nehmen.