NCQ ermöglicht, dass mehrere Anfragen gleichzeitig an die Festplatte abgesetzt werden und diese dann selbst entscheidet, in welcher Reihenfolge sie sie abarbeitet. Durch die Vermeidung unnötiger Kopfbewegungen kann so der Durchsatz und vor allem die Latenz verbessert werden. Das Laufwerk selbst, der Controller und der Treiber müssen Command Queuing unterstützen, um es zu nutzen.
Durch die durch NCQ hervorgerufenen Verzögerungen ist es aber auch möglich, dass dieses Verfahren zu schlechteren Zugriffszeiten bei Anwendungen führen kann. Das Phänomen kann bei Spielen und sequentiellen Lesevorgängen auftreten.