Ich würde eher vermuten, das Ableben deines alten Netzteiles hat Kollateralschäden hinterlassen die sich nach und nach zeigen. Das neue Netzteil hat höchstwahrscheinlich nichts mit dem Schaden am Mainboard zu tun.
Das kleine Bauteil ist wohl ein kombinierter Spannungsregler/PWM Controller für die Lüftersteuerung und wird direkt an 12V hängen. Wenn es dort durch das letzte Netzteil eine Spannungsspitze gab, können die einen Schaden davongetragen haben der jetzt zum Abbrand geführt hat.
Das Board ist dadurch nicht vollständig zerstört, nur die Lüfterregelung stark eingeschränkt. Die kann man zwar extern umsetzen, ich würde aber wegen eventuellen Folgeschäden das Board ersetzen und hoffen, dass darauf verbaute Komponenten nicht auch in Mitleidenschaft gezogen wurden.