Prüfe bitte noch deine BIOS Version. Mit Version 1305 gab es noch ein Controller Update.
Habe jetzt mal dein Motherboard Handbuch runter geladen.
Die Anschlüsse des JMicron Controllers sind auf dem Backpanel deines Mainboards (das ist dann wirklich eSATA), da, wo die USB Anschlüsse sind. Um da ein Kabel vom Frontpanel hin zulegen, wirst Du wohl ein Adapterkabel benötigen. Die sollten komplett getrennt von dem Intel Anschluß sein und dann brauchst Du deine Boot Platte nicht umzustellen. Ein Menüpunkt im BIOS erscheint eventuell erst nach einem BIOS Update.
Die Treiber, die ich dir genannt habe, sind nur für diese zwei Anschlüsse.
Die Intel Anschlüsse auf deinem Board unterstützen offenbar auch Hotplug, die schwarzen Anschlüsse sind für "Datenlaufwerke", die roten für Boot Laufwerke (seltsam, was es alles mal gab).
Hotplug brauchst Du demnach nicht extra zu aktivieren, es reicht, AHCI zu aktivieren.
Du sagst, dann bootet dein System nicht mehr.
Hängt es bereits wenn das BIOS noch aktiv ist? Eventuell dann mal den JMicron Controller, wenn möglich, im BIOS deaktivieren.
Oder erst, wenn das System versucht, Windows zu starten? In dem Fall im IDE Modus starten und die Registrierung ändern, wie z.Bsp hier erklärt:
http://www.heise.de/ct/hotline/SATA-AHCI-unter-Windows-7-937487.html
Dann BIOS wieder auf AHCI umstellen.
Da ich nicht weiß, was der Unterschied zwischen den roten und schwarzen Anschlüssen ist (denke, es geht da nur um RAID Konfiguration), mußt Di mal ausprobieren, wo das Frontpanel angeschlossen werden kann.