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Die Frage kann man beantworten, wenn Du Daten bereitstellt, die deine Behauptung darlegen. Wie schon geschrieben, es liegt bei Dir die Unterschiede im Backup zu suchen und zu finden.
Ich mache mich nun auf die Suche und melde mich, wenn ich den Grund gefunden und das Problem behoben habe.
Vielen Dank an allen für die umfangreichen Hilfen!
Ich tendiere nun dazu, ein Backup, bei dem alles noch gestimmt hat zu restaurieren und die seitdem hinzugekommenen Dateien oder Veränderungen manuell aktualisieren. Wenn ich die Ursache des Problems finde, werde ich gerne berichten.