1.) Eine Festplatte hat im Gegensatz zu einer CD eine fest vorgegebene Anzahl an Bytes pro Umdrehung (da braucht man sich gar nicht mit Blöcken beschäftigen) d.h. innen sind diese dichter beieinander, als außen. Wenn sich eine Festplatte mit 7200 U/min dreht, dann ist die Datenrate, mit der theoretisch gelesen kann immer gleich (bei der CD außen höher). Der Grund, warum die Platten am Anfang schneller sind wird wahrscheinlich daran liegen, dass das auslesen der dichten Informationen schwieriger ist und man deshalb mehrere Umdrehungen braucht.
2.) Nur weil Windows beim Booten auf 1K Dateien zugreift, heißt das noch lange nicht, dass diese auch einzeln gelesen werden. Windows (zumindest XP) hat eine Datei mit dem Namen Layout.ini. Darin wird mitprotokolliert, welche Dateien beim Booten in welcher Reihenfolge abgelegt werden und beim defragmentieren bzw. im Leerlauf wird das optimiert (und ich glaube die wichtigsten Dateien werden schon bei der Installation in der richtigen Reihenfolge abgelegt, weil das ist ja meistens eher fix. Wenn die Dateien hintereinander liegen, so können die in einem Zug gelesen werden. Dasselbe gilt für das Schreiben von Dateien. Die liegen fast immer hintereinander und so kann man durch den Dateicache von Windows wesentlich mehr (bei mir ca. 2K Dateien/s zu je 4KB) erzeugen.
3.) Grundsätzlich spielt die Zugriffszeit bei Festplatten eher mehr im normalen Office Betrieb eine Rolle, während die sequentielle Transferrate eher beim Kopieren eine Rolle spielt. Ich habe jedoch die Erfahrung gemacht, dass man trotz RAID im Schnitt nicht mehr als 100MB/s bekommt, egal was man anstellt. Grundsätzlich ist es aber sinnvoll ein RAID0 für die Daten (Backup nicht vergessen!!!) mit zwei großen billigen Desktopplatten zu machen und für das Windows eine Raptor einzusetzen, wobei das mit der Raptor nicht unbedingt ein muss ist (ich habe auch keine).
4.) Beim Flash ist das so eine Sache. Die Lese Zugriffszeit ist deutlich besser, aber die Zugriffszeit beim Schreiben deutlich schlechter. Deshalb ist der Sinn von Flash momentan noch eher der geringere Energieverbrauch, die höhere Resistenz gegen Stöße etc., während die Performance eher egal ist. Bei der Performance gibt es ganz extreme Qualitätsunterschiede. Es gibt schnelle Flash Speicher, die meistens mit SLC gefertigt sind, die unter Umständen sogar gleich gut sind wie Festplatten, aber auf der anderen Seite auch die billige Massenware, die für den Desktopeinsatz ungeeignet ist, auch bei den SSDs, aber besonders bei den USB Sticks. Was soll ich bitte mit 1-2MB/s Transferrate und 300ms Zugriffszeit beim Schreiben?
Das Problem ist, dass guter Flash nicht viel billiger ist, als billiger RAM, der um Welten schneller ist und nur den Nachteil hat, dass er flüchtig ist. Der einzige Punkt, wo Flash hier auf Dauer bestehen kann ist die bessere Schreib Zugriffszeit, weil einen reinen Lese Cache kann man mit RAM auch machen und wenn einmal der 64Bit Umstieg vorbei ist, dann wird wieder überall so viel RAM verbaut, wie billig rein geht (momentan wären das schon 8GB für normale Rechner bzw. 4GB für Billigrechner). Da kann man in ein paar Jahren schon einmal 1-2GB für den Cache abzweigen, wenn RAM da ist. Bei Datenbanken passiert das eh schon. Da ist der RAM 16GB in jedem neuen Server, die Datenbank vielleicht 20-30GB (im RAM eh weniger) und das einzige, was über die Platte läuft, sind die Schreibzugriffe.