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Ich nehme an, dass deine SATA Platte neuer ist, als die IDE. Deshalb würde ich Windows auf die SATA Platte installieren. Große Performance Unterschiede wirst du aber nicht merken können. Neuere HDDs sind meist etwas schneller als alte.
Also Performance Unterschiede, wirst du nicht merken und haben, da SATA zwar schneller übertargen könnte, aber die Festplatte immer noch genau so schnell/langsam ist wie bei einer IDE ...
Also ist es eigentlich egal, wo du dei OS installierst...
Wenn du irgendein Benchmark laufen lassen willst und den letzten Punkt aus deinem System holen willst, wird die SATA Platte ein bisschen bessser sein.
Was du aber im Normalbetrieb nicht merken wirst, wie eben schon erwähnt...