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Die meisten PDA's (zumindest WinCE/PocketPC) haben ein sogenanntes JTAG-Interface.
Man kann damit die Steuerung der CPU übernehmen und darüber auch die Flashbausteine frisch programmieren.
Ich habe das mal mit einem Simpad erfolgreich gemacht.
Google mal nach Ipqq und Jtag, dann müsstest du eigentlich ein HowTo finden mit Bildern wo die Kontakte bei einem Ipaq liegen.
Ein anderes Stichwort ist unbrick (Rückkehr von Ziegelstein)
Normalerweise ja.
Wenn die Software, die du zusammen mit dem jtag-Interface verwendest, dies unterstützt kannst du jedes einzelne Byte im System ansprechen, auch die Flashbausteine. Der Bootloader ist nur ein Teilbereich des Flash (meist ganz unten oder oben im Flash, der auch noch schreibgeschützt sein kann).
Bei uns in der Firma werden Flashbausteine leer auf die Platine gelötet, und dann per JTag programmiert. Die software muss allerdings den CPU-Typ und auch den Flashbaustein-Type kennen.