So eine Lösung gibts: Nennt sich ffmpeg. Damit wirst du aber nicht zurecht kommen, denn du musst alles über die Kommandozeile machen.
Wie aber gesagt: Nimm FLVExtract, zieh die FLV rein und du erhälst eine separate Video- und Audiospur. Danach kannst du alles umwandeln wie du willst.
Aber um mal auf dein "Problem" zurückzukommen. Das was du als Problem siehst, ist im Prinzip ein Vorteil. Alles was du an Videos hast, sind im Prinzip nur Container - AVI, FLV, MP4, MPEG, MKV, WMV, ... Such dir also einen geeigneten Demuxer (AVI = VirtualDubMod, FLV = FLVExtract, MP4 = mp4box, MPEG = DGIndex, MKV = mkvmerge GUI/MKVExtractGUI, WMV = gibt es leider keine Freeware Programme), trenne die Spuren und verfahre ganz normal weiter. Im Nachhinein kannst du jedes Programm nehmen, was von x nach y konvertieren kann, je nachdem, welches Ausgabeformat du willst. Ich würde dir aber dringend davon abraten, eine eh schon minderwertige Qualität (FLV verspicht vorerst ja nicht viel) nochmals zu konvertieren.
Ich wüsste auch nicht, wozu du irgendwas in Wave konvertieren willst.