Ansich alles richtig.
Wenn der Rechner ohne Last vor sich hindümpelt, kannst Du ohne Gefahr die Gehäuselüfter abziehen. Den Lüfter am CPU-Kühler sowie den Lüfter auf dem Graphikkartenlüfter kannst Du ganz einfach kurz anhalten, indem mit dem Finger vorsichtig auf die Lüfternabe drückst und sanft den Druck erhöhst, bis der Lüfter anhält. Wenn Du den Finder wieder herunter nimmst, läuft der Lüfter wieder an. Achte aber darauf, daß Du nicht mit den Finger in die rotierenden Lüfterblätter kommst. Außer daß das weh tut, kann es in diesem Fall passieren, daß Du eines der Lüfterblätter abbrichst. Die Folge ist, daß der Lüfter unrund läuft. Mit Sekundenkleber bekommt man das meist wieder hin, muß man ja aber nicht erst soweit kommen lassen.
Wenn nun alle anderen Lüfter ruhig sind, solltest Du die HDD und den Netzteillüfter hören. Das Drosseln des Netzteillüfters ist für Fortgeschrittene. Das würde ich erst einmal nicht machen.
Die HDD kannst Du entkoppeln, indem Du ein Stück Schaumstoff nimmst und die HDD darauf legst. Alternativ kannst Du Gehäuseboden, Schaumstoff und die umgedrehte HDD mit doppelseitigem Klebeband miteinander verkleben.
Lüfter kann man allgemein über die Spannung (2 bis 3 Pins) oder bei entsprechenden Lüftern auch über das PWM-Signal steuern (Lüfter mit 4 Pins).
Es ist aber nicht jedes Mainboard und auch nicht jeder Lüfteranschluß auf dem Mainboard dazu in der Lage. Da hilft ein Blick in das Handbuch Deines Mainboards.
Die günstige Alternative ist folgendes. Man kauft sich einen Drehpoti (4 bis 7 €) und ein paar Y-Adapter. Dann schließt man alle Lüfter an den Drehpoti an. Mit 3 Y-Adaptern kann man schon 4 Lüfter gleichzeitig steuern. Dann heißt es testen. Bei mir hängen 2 Gehäuselüfter, der Lüfter für die CPU und ein weiterer, der auf die Graphikkarte pustet, alle an einem Poti. Sind alles 120 mm Lüfter vom gleichen Typ (Sharkoon Silent Eagle).
Die Graphikkarte selbst wird durch einen 92 mm Lüfter von Artic Cooling gekühlt, der durch die automatische Lüftersteuerung der Graphikkarte gesteuert wird.
Alternativen zu diesem Aufbau sind Mehrkanallüftersteuerungen, die Steuerung über das BIOS oder man greift sich die gewünschten Spannungen direkt an einem Molex-Stecker vom Netzteil ab. Da ist man aber auf 12, 7 und 5 V beschränkt.
Ich finde die Variante mit dem Drehpoti am besten, da man eine günstige, flexible Steuerung erhält, die auch nach einem Mainboardtausch noch funktioniert.
Ansonsten gibt es auch Lüfter, die bei konstanten 12 V Spannung auf bspw. 800 rpm begrenzt sind. Z.B. von bequiet oder Scythe.
Grob gesagt ist alles unter 1000 rpm leise und unter 600 rpm praktisch unhörbar. Wie gesagt, muß man aber die Temperaturen im Auge behalten, da natürlich mit einer Drosselung der Lüfter auch das Fördervolumen sinkt. Wieder grob gesagt, sollte unter Last die CPU möglichst nicht über 60° und die GPU nicht über 90° C kommen.
Ein weiteres Problem, was Krach macht, ist die Verwirbelung der Luft bei Lüftergittern vor ausblasenden Lüftern. Ganz oft haben aktuelle Gehäuse nur noch ein ausgestanztes Lüftergitter vor dem Hecklüfter. Das kann mit einem guten Seitenschneider herausgeschnitten werden. Zum Entgraten der Schnittkanten sollte man aber die Hardware ausbauen. Oder man läßt es etwas scharfkantig lassen und paßt entsprechend auf. Eventuell fabrizierte Metallsplitter vom Schneiden muß man natürlich aus dem Gehäuse entfernen.
Um den Luftstrom zu optimieren, empfiehlt es sich mit Kabelbindern im Gehäuseinneren für Ordnung zu sorgen und die Kabel auf dem Weg zu räumen.
Eventuell können auch die Seitenteile vibrieren oder sich Schwingungen auf den Holzfußboden übertragen. Da hilft Entkoppeln mit Schaumstoff.
Welches Gehäuse hast Du eigentlich? Gibt es Öffnungen im Deckel oder der Seitenwand? Die würde ich mit Pappe verschließen.