@TE, wenn Du noch die Möglichkeit hast, Daten zu retten, würde ich dafür einen zweiten Rechner nehmen. Die Festplatten werden in diesem Fall als ein externes Laufwerk angeschlossen und werden wie ein USB-Stick erkannt. Sämtliche Startdateien etc. werden hierbei ignoriert. Einfach mal die notwendige Kabelanschlüsse, die ich selbst schon hierfür verwendet habe. Das Thema wird es vermutlich auch günstiger geben, aber ist ja Dein Problem:
http://www.amazon.de/DA-70200-USB-m...ie=UTF8&qid=undefined&sr=8-4&keywords=digitus
Ich kann allerdings nicht verstehen, wie Du eine Neuinstallation vornimmst... @r0ck3r hat doch schon fast alles beschrieben...
Das Wichtigste ist doch einfach, dass bei einer Neuinstallation nur die Festplatte am Rechner angeschlossen ist, wo auch das BS installiert wird. Der Rest sollte vorher einfach abgeklemmt werden. Weiterhin sollte die Festplatte an SATA0 (erster Anschluss) angeschlossen sein. Der Bootmanager kann sich tatsächlich verschieben.
Einfach mal ein Beispiel von meine Board, was natürlich ein wenig älter ist:
SATA0 kann ich nicht nutzen, da die Grafikkarte zu groß ist
Folglich ist die erste Festplatte an SATA1 und die zweite an SATA2
Was passiert bei mir bei einer Neuinstallation? Das BS will sich auf SATA2 installieren. Daher nehme ich immer die zweite Festplatte vom Rechner, wenn ich eine Neuinstallation machen muss. Und glaube mir, meine Einstellung im Bios ist richtig.
P.S. Wenn Du alles gesichert hast, würde ich einfach mal die Festplatte(n) neu formatieren. Meine zweite WD Raptor läuft heute immer noch so, wie ich sie gekauft habe. Auch bei mir wurden mal Fehler angezeigt.