So, jetzt habe ich erneut alles kopiert, also 3 Leere Partitionen mit Daten befüllt.
Platte wieder im Zielsystem eingebaut, Ergebnis: 2 Partitionen funktionieren (alle Daten werden angezeigt), bei der 3. Partition das gleiche Problem wie im Ausgangspost beschrieben. Explorer zeigt nix an, gemäss Datenträgerverwaltung sind aber Daten vorhanden.
Habe dann CHKDSK /r ausgeführt, jedoch nach ein paar Minuten wieder abgebrochen weil das ewig dauern kann.
Ergebnis: Auf der Partition wird nun zumindest ein Teil der Daten angezeigt.
Im anderen System gibts überhaupt keine Probleme, es sind immer alle Daten vorhanden.
Problem ist also zumindest teilweise reproduziert. Es ist aber schon ziemlich strange das Ganze.
Edit:
So, jetzt habe ich noch folgendes gemacht.
Platte in funktionierendes System. Dann habe ich unter der Partition einen neuen Ordner erstellt und alles dort rein verschoben. Struktur alt war also: E:\Ordner 1, E:\Ordner2. Struktur neu war dann also E:\Test\Ordner1, sowie E:\Test\Ordner2
Platte wieder ins (nicht funktionierende) Zielsystem reingehängt und Partition geöffnet. Dort wurde nach wie vor E:\Ordner1 angezeigt, der neue Ordner Test war nicht vorhanden. Ich habe dann versucht verschiedene Dateien zu öffnen, was problemlos klappte, obwohl der Pfad ja eigentlich falsch ist.
Habe dann nochmals CHKDSK /f laufen gelassen, und siehe da: Plötzlich werden alle Daten mit korrektem Pfad angezeigt.
Irgend was ist da faul. Ich installier jetzt mal noch Windows neu mit GPT, das ist mir sonst alles etwas zu suspekt.