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Ein paar Sachen werden im iCloud-Backup nicht gespeichert, Kindle-eBooks oder Ausgaben aus irgendwelchen Zeitschriftenapps werden beispielsweise nicht gespeichert, da man diese ja erneut herunterladen kann und sie das Backup nur unnötig aufblähen, auch Passwörter sind afaik nur in einem verschlüsselten Backup via iTunes oder eben wenn man die iCloud-Keychain nutzt.
Aber sonst ist das Backup in iOS quasi vollständig.