Ich hab damals in der Schule ne Facharbeit über verschiedene Ansätze geschrieben und es, wenn ich mich recht erinnere, folgendermaßen erklärt:
Das Traveling Salesman Problem kennst du?
Man stelle jede Verbindung zwischen Städten mit einer (Protein)kette dar. Je länger der Weg in der Realität, desto länger die Kette.
Jedes Ende einer solchen Kette würde in der Realität an einer Stadt liegen und damit an andere Wege/Ketten anschließen.
Also modelliert man alle Ketten so, dass sie sich an den Enden genau mit den Ketten verbinden können, welche in der Realität in der selben Stadt anfangen, bzw. Enden.
Dann hat man also jeden Weg genau "modelliert", vervielfacht (100.000++) jede einzelne Kette, kippt sie dann zusammen, schüttelt ^^ ein wenig und viola', die Ketten haben sich verbunden.
Dann durchsucht man alle Ketten, die sich mittlerweile zu längeren Ketten zusammengeschlossen haben nach genau den Ketten, in welche jede "Stadt" (war ja modelliert durch Kettenenden) genau einmal vorkommt.
Von all diesen die man findet nimmt man halt die kürzeste und "schon" hat man das Erlebnis
Das war aber soweit nur aus einer 3 Jahren alten Erinnerung und selbst damals war es nur ein kleiner Ausblick am Ende, also ohne Garantie auf Richtigkeit ^^