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Ich habe schon länger ein Problem. Und zwar habe ich die Taskleiste oben, da ich sie dort praktischer finde. Allerdings öffnen sich manche Fenster "unter" der Taskleiste. Hier mal ein Beispiel bei Fraps. (Das Fenster kann man übrigens auch nciht verschieben. -_-)
Rechte Maustaste auf das Taskleistensymbol und "verschieben" auswählen. Eine Pfeiltaste auf der Tastatur drücken und das Fenster "hängt" an deiner Maus und kann verschoben werden.
Wenn "verschieben" ausgegraut ist alt+tab zu der Anwendung und nochmal probieren.