DoH kannst du ja einfach deaktivieren (Einstellungen - Allgemein - Verbindungseinstellungen), wenn du das möchtest.
Neben den ganzen Optionen kannst du einen eigenen Unbound DNS Resolver mit Root-Zone-Abfrage aufsetzen, dann nutzt du gar kein 3rd Party DNS-Resolver mehr (und fragst stattdessen von oben nach unten die Konfigurierten DNS-Server der jeweiligen TLD ab). In diesen Unbound setzt du die Domain "use-application-dns.net" auf "NXDOMAIN" (danach suchen wie das geht) und vorbei ist es mit DoH, da das dann als "Unternehmensnetzwerk mit besonderer DNS-Konfiguration" gewertet wird und da wird DoH niemals automatisch aktiviert, da ansonsten einige Webdienste in einem Unternehmen eventuell nicht mehr funktionieren würden.
Das gleiche gilt für einen Pi Hole, der killt "use-application-dns.net" von sich aus ebenfalls, da er selbst sonst keinen Nutzen mehr hätte, da er ja sonst umgangen werden würde. Unbound + Pi Hole kann man übrigens auch gut miteinander verketten.
Für die meisten anderen Menschen ohne tiefe IT-Kenntnisse ist DoH übrigens ein Zugewinn an Sicherheit zu einen sehr geringen Preis an Privacy - denn es ist aktuell nicht bekannt, dass DNS-Anbieter, anders als Facebook, gezielte Profile anlegt und selbst wenn wird die Datenzusammenführung auf eine spezifische Person dabei schon recht sportlich. Es ist aus Privacy-Sicht also sinnvoller Facebook (und damit auch Instagram und ggf. Twitter und andere asoziale Medien mit "Webbugs" ebenfalls) in seinen Netzwerk zu blocken anstatt auf Cloudflare herum zu hacken. Cloudflare betreibt übrigens, anders als deustche DNS-Resolver einiger Provider keine "Unternehmenszensur" indem bestimmte "Warez-Seiten" per Gerichtserlass blockiert werden (boerse punkt to von Vodafone via deren DNS-Resolver "geblockt" usw.)
Und klar ist übrigens, dass Mozilla hierzulande DoH, wenn es dann per default aktiviert werden soll, wohl nicht mit Cloudflare umsetzen möchte (wegen der ganzen EU-GPDR und US-Dienste Geschichte), sondern eher mit NextDNS oder so...
Aktuell aktiviert Mozilla DoH von sich aus übrigens nur in den USA (und dort mit Cloudflare - was in den USA aber auch OK ist...) und weißt die Benutzer auch übrigens darauf hin und die können das dann auch in diesen Dialog verweigern.