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zunächst einmal solltest du deine Seite vom Netz nehmen, um nicht noch weitere Angriffe zu riskieren, solange du nicht die Sicherheitslücke gefunden und beseitigt hast.
Anschließend solltest du dir einmal alle Spuren des Hackers und die Serverlogs anschauen, um so detailliertere Informationen über die Schwachstelle zu bekommen.
Das weitere Vorgehen hängt natürlich jetzt stark von den gefundenen Spuren ab.
Eine Anzeige zu erstatten würde auch - sofern du keinerlei Informationen über den Angreifer hast - nicht weiterhelfen.
Die auf dem Server eingesetzte Apache-Version ist wirklich schon sehr in die Tage gekommen. Ein Update auf eine aktuellere Version - auch in der Version 1 gibt es schon neueres - wäre wirklich sehr empfehlenswert.
Dabei kannst du deinem Hoster auch gleich mal empfehlen, PHP wieder etwas auf aktuellen Stand zu bringen. Im Moment läuft da anscheinend die 4.3.1er Version.
Ich würd mal sagen, dass dein DomainHoster nicht grad der sicherste ist, wenn er dich mit ner veralteten Apache und Linux Version "beglückt".
Gibt ja im Netz super Anleitungen wie man Linux FTP Server übernimmt darum verwendet man als Admin einer Site auch immer PW's mit sehr hoher Sicherheit und überfliegt seine Logs täglich. Is aufwändig aber sicherer!