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soweit ich informiert bin, werden beim clonen die meisten Programme in der ursprünglichen Dateistruktur übernommen - somit stimmt die Ausrichtung der Zellen nicht mehr ganz überein (Alignment)
Korrigiert mich wenn ich hier was falsches erzähle!
Zwei Dinge solltest Du beachten:
1. Prüfe hinterher das Allignment der Partition(en) (ASS zeigt oben links bad wenn das nicht stimmt).
2. Du solltest auf jeden Fall nur belegte Sektoren clonen lassen, sonst wird die ganze SSD schon beschrieben, was die Performance beeinträchtigt, siehe hier.
Erst im BIOS AHCI einstellen und dann Windows installieren, so kommt der richtige Treiber schon gleich daruf. Je nach System ggf. auch gleich den aktuellen AMD oder Intel AHCI Treiber verwenden.