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soviel ich weiss kannst du mit Acronis auswählen welche Partition geklont werden soll. Falls du nur dein System auf C hast, dann klon das. Sonst hast du was für die Zukunft gelernt. Mach ein Backup oder nimm die wichtigsten Daten auf eine externe Platte und installiere windows neu... würde ich eh empfehlen.
Wenn du die restlichen Daten nicht auslagern kannst, sieht es schlecht aus. Die Klonprogramme können ja nicht wissen, was zum System gehört und was nicht. Entweder alles klonen oder das System neuinstallieren.