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Wenn es um Performance geht, ja! Wenn man M.2 als Nachfolger von mSATA für kompakte SSDs die direkt auf dem Board montiert werden können betrachtet, dann nein. Du hast ja meist nur entweder M.2 oder mSATA und musst damit die passende SSD kaufen. M.2 bringt aber nur mehr Bandbreite, wen die SSD auch wirklich über mindestens 2 PCIe. 2.0 Lanes verfügt und der Slot ebenfalls. Erstes ist nur bei der Plextor M6e der Fall und letzteres nur bei den neuen Z97 (H97?) Boards, bei den älteren Boards haben die M.2 Slot meist nur eine Anbindung mit einer Lane.
M.2 kommt jetzt zwar und wird gepusht, bringt aber meist keine Performance und selbst bei der teuren Plextor M6e nur etwa so 200MB/s bei langen sequentiellen Übertragungen, immer Alltag als Systemlaufwerk aber wenig. Schau mal in den Test der SSD hier bei CB. Wirklich einen Sprung macht M.2 erst, wenn die Anbindung auf entweder PCIe 3.0 x2, PCIe 2.0 x4 oder besser noch PCI 3.0 x4 steigt. Dafür gibt es im Moment nur die Samsung XP941, die aber eine OEM SSD und kaum irgendwo verfügbar ist. Für die braucht man auch entweder das ASRock Z97 Extreme 6 Board oder eine Zusatzkarten, wobei sie außer im genannten ASRock Board sehr wahrscheinlich nicht bootfähig ist. Nächstes Jahr dürften kommen mehr solcher wirklich schnellen M.2 SSDs mit PCIe Anbindung kommen.