@ budni
Du kannst mit dem fglrx Treiber (den orginalen AMD/ATI Grafiktreiber) zumindest den Speicher- und Prozessortakt bequem über das Terminal regeln. Ich vermute, dass auch die Lüfter direkt steuerbar sein müssten. In einem HTPC würde ich eher leise oder gleich passive Komponenten verbauen, anstatt Hardware reinbauen, die noch extra gesteuert werden muss. Oder ist dies dein regulärer PC, nur in einem HTPC Gehäuse?
Für den Open Source Treiber gibt es ein Tool zum Takt und vlt. auch Lüftersteuerung für AMD Grafikkarten. Dieses funktioniert jedoch nur, wenn nur eine Grafikkarte gleichzeitig verwendet wird, da man nicht auswählen kann, welche Grafikkarte man sonst steuern möchte. Man könnte ansonsten nur jeweils eine (die mit der niedrigeren BUS ID) steuern.
Für einen HTPC würde ich außerdem eher auf eine fertige Distribution wie OpenELEC oder XBMCLive setzen.
@ mat_2
Du kannst jedes Linux mithilfe von SSH und komplett ohne GUI fernsteuern. Das ist bei der Verwaltung von Linuxsystemen die erste Wahl. Du als Anfänger hast aber wohl sowas eher nicht vor. Dann wäre natürlich die Fernsteuerung mithilfe von Teamviewer für die Steuerung im Notfall oder bei permanenteren Einsatz VNC oder RDP (
http://www.admin-magazin.de/Das-Heft/2009/02/Mit-Windows-Clients-auf-Linux-Server-zugreifen). RDP ist eine Erweiterung von VNC von Microsoft. VNC selber ist, zumindest unter WIndows, eher lahm. RDP ist dagegen super fix. Solange du keine Videos streamen oder Computerspiele verwenden möchtest, ist RDP für die Fernsteuerung optimal ausgelegt.
Die Anleitung für den RDP Server unter Linux vom Admin Magazin ist eher was für fortgeschrittene Linuxuser, aber es gibt sicherlich auch einfachere Anleitungen.
Wenn du das System z.B. nur als NAS-Server laufen lassen willst, gibt es dafür spezielle OS. So basiert z.B. FreeNAS auf FreeBSD und verfügt über ein Webinterface zur Steuerung. Der Vorteil wäre, dass FreeNAS speziell auf so einen Einsatz zugeschnitten wäre, die Ressourcenauslastung also möglichst gering ist und du nicht mit Anforderungen an die Software überforderst wirst (Was muss ich denn jetzt für Software installieren? Wie mache ist das? Welche Protokolle sollen unterstützt werden? Samba? Brauch ich da? ....). Willst du jedoch ein System mit vorinstalliertem GUI ist FreeNAS vermutlich nichts für dich. Das müsste nur ohne GUI ausgeliefert werden. Ich weiß leider nicht, wie stark es sich nach der Installation über das Webinterface steuern lässt.
besser gehts net 
